SVZ is een coöperatieve vereniging. De algemene ledenvergadering is het hoogste orgaan in het samenwerkingsverband en functioneert als intern toezichthouder. SVZ heeft een directeur-bestuurder. Deze vormt het bestuur en is belast met de dagelijkse leiding binnen de coöperatie. Het samenwerkingsverband houdt een aantal keren per jaar een algemene ledenvergadering waarin de bestuursbesluiten worden goedgekeurd. De directeur-bestuurder van SVZ is mevrouw L.F. van de Laar.
De ondersteuningsplanraad is het medezeggenschapsorgaan van het samenwerkingsverband en bestaat uit een geleding personeel en een geleding ouders/leerlingen. De leden zijn afgevaardigd door de (gemeenschappelijke) medezeggenschapsraden van de schoolbesturen.
Het samenwerkingsverband heeft een Commissie voor Toewijzing en Advies ingesteld. Deze commissie geeft de directeur-bestuurder advies over de toelaatbaarheid tot het vso en besluit over toelating tot tussenvoorzieningen. Daarnaast geeft de commissie advies aan scholen over leerlingen die vastlopen in het onderwijs of wanneer ouders en school het niet eens zijn over een vervolgtraject of de ondersteuning van een leerling.
Organisatiestructuur van het samenwerkingsverband: Organogram en toelichting